二代测序文库质控

二代测序文库质控要求

二代测序sop中能用到的英文具体如下：1. Next-generation sequencing (NGS)二代测序技术2. High-throughput sequencing platforms高通量测序平台3. Illumina platforms, such as HiSeq and MiSeqIllumina平台,如HiSeq和MiSeq4. Ion semiconductor sequencingIon半导体测序5. Paired-end sequencing双端测序6...

二代测序数据质控

二代测序平台获得的原始数据为fastq(或为压缩文件fq.gz)格式,包含双末端测序所得的正向和反向两个文件(通常用“1”和“2”来区分),如下所示: 每一个read包含四行内容,其中第一行以@开头,后面是reads的属性信息,也即read名称。中间用“:”隔开。例如上例中HISEQ为测序平台名称,266为测序运行run的编号,HHNWKB...

二代测序文库制备

IonTorrent测序过程主要有5个步骤:DNA文库制备—乳液PCR—微珠富集—测序—结果判读。 DNA文库制备 基于扩增子富集技术(即Ion AmpliSeq技术)制备的文库,是对基因组DNA经过多重PCR扩增得到目的基因序列后再加入接头,获得最终可用于测序的文库。 1....

二代测序文库构建流程图

扩增子建库是指利用PCR反应在待测DNA片段两端加上接头的方法,原理相对比较简单,只需要两轮PCR和两步纯化就可以得到目标区域的文库(如图5),其中第一步是含通用序列的引物与目标区域结合,第二步通过PCR反应连接测序接头,使得构建的文库可以用于上机测序(图6)。 图5.扩增子建库的操作步骤 图6.扩增子建库的两次PCR反应...

二代测序质量差的原因

产品名称为基因测序仪,型号、规格为ADx-SEQ200 Plus。据悉,ADx-SEQ200 Plus测序仪是一款高效、准确、灵活的桌面型中高数据通量的二代测序仪。医院终端可根据日常检测数据量灵活搭配30G和150G芯片,轻松快捷实现多个检测项目并行测序,为患者出具高质量的检测报告,无需因...

二代测序样品处理

ARCHS4数据库是一个把GEO数据库的一些人和鼠的二代测序的数据进行统一流程前期分析的数据库。通过分析,最终把原始的fastq的数据转换为了表格数据。这样我们就可以使用了。 数据库的使用很简单,我们只需要在数据检索的地方检索想要查看的数据集就行。这里的话,我们可以输入...

二代测序数据库

ARCHS4数据库是一个把GEO数据库的一些人和鼠的二代测序的数据进行统一流程前期分析的数据库。通过分析,最终把原始的fastq的数据转换为了表格数据。这样我们就可以使用了。 数据库的使用很简单,我们只需要在数据检索的地方检索想要查看的数据集就行。这里的话,我们可以输入...

二代测序中常用的数据格式

测序数据的获取 一、数据库简单介绍 1、SRA数据库: NCBI的SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)存储高通量测序数据的主要数据库,也是高通量测序数据存储的代表。SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA...

测序文库质检

二、二代测序的临床需求与应用范围 (一)背景及概述 推荐意见1: 若怀疑细菌、真菌、DNA病毒、寄生虫、不典型病原体感染且需进行二代测序检测时,建议采用DNA检测;若怀疑RNA病毒感染时,则建议采用RNA检测(A,Ⅱ)。 推荐意见2: 对于临床...

二代测序sop

ARCHS4数据库是一个把GEO数据库的一些人和鼠的二代测序的数据进行统一流程前期分析的数据库。通过分析,最终把原始的fastq的数据转换为了表格数据。这样我们就可以使用了。 数据库的使用很简单,我们只需要在数据检索的地方检索想要查看的数据集就行。这里的话,我们可以输入...